پیوند نظام برنامه‌ریزی، نظام بودجه‌ریزی و پایش عملکرد، تفاهم‌نامه تخصیص اعتبارات بودجه است، در واقع آنجایی که منابع مورد نیاز اقدامات مراکز بودجه چه در راستای اهداف راهبردی دانشگاه و چه امور جاری آنان برای اجرا در یکسال آینده اعلام می‌شود.

مسیر رسیدن به تفاهم‌نامه از مرکز برنامه‌ریزی راهبردی آغاز می شود، با هم‌اندیشی و همگرایی در رسیدن به زبان مشترک برنامه‌ریزی با مراکز بودجه، فعالیت های آنان اولویت‌بندی و بر اساس چشم‌انداز دانشگاه  همراستا می‌شوند.

در گام بعدی کمیته بودجه با توجه به برآورد بودجه عمومی و درآمدهای اختصاصی دانشگاه بر اساس معیارهای مختلفی از جمله عملکرد مراکز با تایید هیئت رئیسه سقف بودجه هر واحد مشخص می‌گردد.

پس از ابلاغ سقف بودجه به مراکز از طریق مرکز برنامه‌ریزی راهبردی، مراکز برنامه‌های خود را با توجه به سقف بودجه و امکان پذیری و بیشترین اثر گذاری اقدامات را با همراهی مرکز برنامه ریزی راهبردی، اولویت بندی و تسطیح منابع[۱] می کنند.

تفاهم‌نامه نهایی شده به امضای مرکز بودجه و معاونت اداری و مالی به خاطر تضمین تامین منابع مالی و نیز مرکز برنامه‌ریزی راهبردی و توسعه منابع جهت همراستایی و همگرایی برنامه ها در سطح دانشگاه، می رسد.

بر اساس گزارش معاونت اداری و مالی هر سه ماه مقدار تخصیص یافته و هزینه کرد هر مرکز بودجه پایش می شود.

از مزایای تفاهم‌نامه تخصیص اعتبار بودجه :

• برنامه محور شدن مراکز بودجه
• همگرایی بودجه مراکز در راستای راهبرد کل دانشگاه
• شفافیت بودجه
• شفافیت هزینه کرد
• مصرف بهینه تر بودجه
• پاسخگویی در قبال هزینه کرد
• کاهش ریسک ایجاد تعهد مالی برای دانشگاه
• انضباط بودجه